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--> Url version détaillée , Url version formatée Structure name contains or id is : "409065;155441;135971;102266;212248;578082", Publication type : "('ART')"
784.
titre
Reporting on the degradation of aquatic environments. The role of knowledge in the implementation of policies for the protection of water resources in sub-Saharan Africa
auteur
Veronica Mitroi, José Frédéric Deroubaix, Youssoupha Tall, Ahi Kouaido Chrislain, Jean-François Humbert
article
, Association des amis de la revue de géographie de Lyon, 2022, 96 (1), ⟨10.4000/geocarrefour.19353⟩
titre
Correction: Gasperi et al. Micropollutants in Urban Runoff from Traffic Areas: Target and Non-Target Screening on Four Contrasted Sites. Water 2022, 14, 394
auteur
Johnny Gasperi, Julien Le Roux, Steven Deshayes, Sophie Ayrault, Louise Bordier, Lila Boudahmane, Hélène Budzinski, Emilie Caupos, Nadège Caubrière, Kelsey Flanagan, Martin Guillon, Nina Huynh, Pierre Labadie, Laurent Meffray, Pascale Neveu, Chandirane Partibane, Julien Paupardin, Mohamed Saad, Lucie Varnede, Marie-Christine Gromaire
article
, MDPI, 2022, 14 (14), pp.2215. ⟨10.3390/w14142215⟩
titre
Determinants of Evapotranspiration in Urban Rain Gardens: A Case Study with Lysimeters under Temperate Climate
auteur
Ahmeda Assann Ouédraogo, Emmanuel Berthier, Brigitte Durand, Marie-Christine Gromaire
article
, MDPI, 2022, 9 (3), pp.42. ⟨10.3390/hydrology9030042⟩
titre
Choisir de lutter contre certaines pollutions plutôt que d’autres - Mise en visibilité et ignorance des facteurs de dégradation du Lac de Guiers
auteur
Youssoupha Tall, José -Frédéric Deroubaix, Ibrahima Dia, Veronica Mitroi, Tidiane Ndoye, Sylvain Faye, Jean-François Humbert
article
, Société d'Anthropologie des Connaissances, 2021, 15 (4)
titre
High-Resolution Mass Spectrometry Screening of Wastewater Effluent for Micropollutants and Their Transformation Products during Disinfection with Performic Acid
auteur
Maolida Nihemaiti, Nina Huynh, Romain Mailler, Perrine Mèche-Ananit, Vincent Rocher, Rachid Barhdadi, R. Moilleron, Julien Le Roux
article
, American Chemical Society, 2022, ⟨10.1021/acsestwater.2c00075⟩

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Contaminants microbiologiques

par Emilie Caupos - publié le , mis à jour le

Contaminants microbiologiques

Le laboratoire de microbiologie dispose des appareils nécessaires à la réalisation d’analyses en microbiologie classique et en biologie moléculaire.

  • Matériel de terrain

Afin de recueillir de l’eau dans différents compartiments du milieu naturel, nous avons fabriqué un système permettant d’échantillonner le neuston (couche superficiel d’une surface liquide) grâce à une grille fine. Nous utilisons également une bouteille Niskin pouvant prélever de l’eau à différentes profondeurs.
Des batteries associées à un convertisseur fournissent l’électricité nécessaire au fonctionnement de pompes pour la filtration sur le terrain.

Photographies du dispositif permettant d’échantillonner le neuston à bord d’une barque, et de manipulateurs filtrant sur le terrain
  • Microbiologie classique
    • Ensemencement

Les hottes à flux laminaire (BioII, ADS Laminaire) nous permettent de travailler dans des conditions stériles afin de ne pas contaminer nos échantillons et de protéger le manipulateur. Les analyses menées consistent à l’ensemencement de microplaques contenant un milieu spécifique permettant de dénombrer deux indicateurs de contaminations fécales, Escherichia coli et les entérocoques intestinaux (normes). Ces indicateurs bactériens nous permettent d’apprécier la qualité microbiologique des eaux analysées au laboratoire, qu’elles proviennent du milieu naturel ou de station d’épuration. La lecture des microplaques se fait sous lumière ultraviolette qui révèle par fluorescence les puits positifs.
Nous pouvons également réaliser des ensemencements sur milieu gélosé ou liquide afin de cultiver des souches d’intérêt.

Photographie sous UV d’une microplaque MUG-EC AES ensemencée avec différentes dilutions d’eau contaminée

Le laboratoire possède également deux lecteurs de microplaque dans la lumière visible (Anthos Reader, Labgen) et en fluorescence (Fluoroscan, Thermo).

    • Microscopie en fluorescence (BH2, Olympus) et microscopie inversée (Primovert, Zeiss et camera AxioCam ERc 5S)

Les échantillons fixés au paraformaldéhyde et colorés au DAPI sont filtrés sur membrane de porosité 0.22µm afin de dénombrer les cellules totales (bactéries et Archées) par microscopie en fluorescence.
Les microalgues sont dénombrées par microscopie inversée.

  • Préparation des échantillons

Des systèmes de filtration ont été montés afin de concentrer sur des filtres cylindriques de porosité 0.22µm (Millipore, Sterivex GP) les bactéries présentes dans les eaux.
Une centrifugeuse gros volumes (Avanti JE, Beckman) permet de concentrer les échantillons et donc de récupérer le culot cellulaire des matrices liquides.

  • Biologie moléculaire
    • Extraction d’ADN

Grâce à des kits spécifiques (Spin Kit for Soil, PMBiomedical) et à la mise au point de protocoles adaptés à nos matrices, nous pouvons extraire l’ADN des cellules bactériennes présentes dans les échantillons analysés après filtration. Les quantités extraites sont estimées par spectrophotométries (UviLine 9400, Secoman).
Après précipitation à l’éthanol, les culots sont séchés dans un évaporateur rotatif (MiVac, Bioblock).

    • PCR (Polymerisation Chain Reaction)

Le laboratoire est pourvu d’un poste dédié à la PCR (pré-PCR et post-PCR) équipé de deux thermocycleurs.

Le premier thermocycleur (T1, Biometra) sert

Photographie sous UV d’un gel d’électrophorèse après migration d’amplicon de frament de l’ADNr 16S bactérien par PCR avant séquençage

à l’amplification de fragments spécifiques d’ADN comme par exemple le gènes de l’ARN ribosomal 16S qui peut ensuite être séquencés afin d’identifier les individus d’une population (clonage séquençage ou séquençage haut débit). Nous utilisons un système d’acquisition d’image (MS geldoc, dutscher) pour vérifier la bonne amplification des fragments d’intérêt.

Le second est un thermocycleur en temps réel (iQ Biorad) qui sert à estimer la quantité d’individu dans un échantillon par amplification d’une séquence spécifique marquée par un fluorophore. Le laboratoire dispose d’une méthode de quantification des mycobactéries non tuberculeuses (genre Mycobacterium) par amplification du gène atpE (Radomski et al., 2013). Cette technique de PCR en temps réel permettra également la détection de pathogènes d’intérêt tels que les salmonelles et Campilobacter.